Los trabajos de la Ciudad Universitaria de Madrid se llevaron a cabo desde un pequeño pabellón, primeramente situado en donde hoy se encuentra el Hospital Clínico y posteriormente trasladado a su ubicación actual en la zona de La Moncloa. Manteniendo la dirección del arquitecto Modesto López Otero se buscó dar continuidad a un proyecto que sobrevivió a diferentes regímenes políticos, cuyas huellas aún imprimen el conjunto.
La Guerra Civil ocasionó importantes daños, algunos de los cuales supusieron pérdidas irreparables, como los murales de uno de los mayores exponentes de la pintura al fresco de la época, Luis Quintanilla, que revestían el vestíbulo principal. A finales de los años 50, el Pabellón de la Junta acoge los servicios administrativos centrales de la Universidad, pasando a convertirse en Pabellón de Gobierno.
El pabellón se concibió para contener los servicios técnicos de la Ciudad Universitaria, construyéndose en noventa días. Se le denominó Pabellón de la Junta constructora y oficinas de la ciudad universitaria. En origen, la planta de semisótano estaba dedicada a albergar oficinas de la Universidad y las salas de exposición de maquetas con los proyectos de la Ciudad Universitaria, la planta primera estaba ocupada por oficinas de la Universidad y despachos. A fines de los años cincuenta, se convertiría en el Pabellón de Gobierno de la Universidad de Madrid, después Complutense, albergando el Rectorado. Cuando este se trasladó, se ubicaron varios vicerrectorados y servicios de la Universidad. Su última restauración es de 2011.
De estilo racionalista, el edificio tiene dos alturas y semisótano. Su planta es de cruz griega con un cuerpo central, lo que facilita el acceso a los despachos y salas de reuniones ubicados en los cuatro brazos; además de la iluminación natural en todos sus espacios. La estructura es de hormigón armado. Cuenta con un acceso monumental con escalinata y sobre la puerta se ubica el escudo de la Universidad en relieve. La entrada no tiene ventanas, estas se distribuyen uniformemente por las demás fachadas. Las fachadas originales eran de ladrillo visto, pero en la reconstrucción se revocaron con placas de piedra caliza. Los muros son lisos, cuentan con un basamento de granito y en la parte superior una gran cornisa. Está rodeado de jardines que comparte con la residencia universitaria.
